女性生殖器官的发育是一个非常复杂的过程。胚胎早期，生殖系统与泌尿系统均起源于中胚层，胚胎第3周时，在第14-28对体节外侧的中间中胚层形成一条纵索，称为生肾索。第5周时，由于生肾索上皮增生，在胃、肠背侧系膜两侧凸向腹腔，形成一对纵行隆起，称尿生殖嵴。此时并无性别差异。不久，此嵴突入腹腔，嵴上深陷一条纵沟，将此嵴分为内外两部，外侧部为中肾嵴，内侧部为生殖嵴，是男性或女性生殖腺发育的原基。

第6周时，生殖嵴表面的生发上皮，呈不规则指状逐渐向深部陷入间充质，形成初级性索。初级性索内含有原始生殖细胞，这些细胞来自卵黄囊尾侧壁的内胚层，自胚胎第4周开始以变形运动沿后肠及背侧系膜迁移，于胚胎第6周达性腺原始生殖嵴的间充质内整合入原始性腺中。第6周以后的原始性腺会出现皮质和髓质，皮质含有许多原始生殖细胞，髓质由初级性索及一些原始生殖细胞组成。

性腺的发育取决于胎儿的基因型和性染色体，而最终性别表型取决于性染色体和占优势的生化和激素环境。从第8周起卵巢开始分化发育。在XX染色体的作用下，原始生殖腺逐渐演变为细长的卵巢。

到第8-12周时，胚胎逐渐分化出卵巢结构。初级性索及原始髓质退化，由含有疏松血管网的基质替补，形成永久髓质。同时，原始皮质细胞不断增生、变厚，并向深层延伸，逐渐形成永久皮质。

第6周时，尿生殖嵴头端外侧的腹膜上皮凹陷，形成两条纵管，称副中肾管，为女性输卵管、子宫、宫颈和阴道上段的原基。第8周时，两侧副中肾管迁移至中肾管内侧并在中线回合，中段官腔融合再吸收形成子宫。在融合的初级阶段，子宫腔内存在一纵隔，一般在胎儿20周吸收消失，若持续存在则形成子宫纵隔畸形。未融合的两侧副中肾管头段仍保持管状结构，经后续发育成为输卵管，融合部分尾段成为阴道上段。

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