印度尼西亚位于东南亚南部，拥有大约近两万个岛屿，是全世界最大的群岛国家，是华人华侨最多的国家之一。据估目前为止在印度尼西亚居住的华人华侨总数有近千万，占据了印尼总人口的5%。

不过，这其中大部分都不再拥有中国国籍，他们已经加入了印尼籍。印尼华侨华人的祖籍，大多数来自福建省、广东省。其他大多数也是南方省份华人的后裔，其中也不乏是解放战争时期前往的国人。

1998年5月13日前后，苏哈托政府因金融危机倒台，华人又一次成为了民愤的牺牲品。“五月排华骚乱”的受害者数据，迄今没有统一的说法—据志愿者组织统计：雅加达有1190人被烧死，27人被打死；印尼警方则称雅加达有451人死亡。

当时，仅雅加达就有5000多家华人工厂、店铺、房屋、住宅被印尼当地人烧毁，约150名华人妇女被强暴，近1200名华人被屠杀。

法新社在报道中描述道：数干华人的房屋和店面在印尼安全军队的眼皮下，公然被掠夺和焚毁。华人妇女于韵（音）说：“当时真是太恐怖了，人们被困在烧着的商店里，满街是燃烧的建筑和汽车，到处浓烟滚滚。"

法新社说，如果印尼军方当时是为了在亚洲金雕风暴的恐慌下重新建立起诚信的话，那么他们失败了。

而1965年大屠杀，则肇始于印尼共与印尼陆军之间由来已久的矛盾。总统苏加诺为了搞“有领导的民主”（简单说来就是推崇个人威权，摒弃议会民主），一手借助陆军的支持，一手又扶植印尼共来牵制陆军。1951年，印尼共只有不到1万名党员；到1963年，党员人数超过了200万；到1965年，超过了300万，成为印尼国内人数最多的党，也成为仅次于苏共和中共的世界第三大共产党。没有苏加诺的扶植，是做不到的。同期，印尼陆军也在镇压国内叛乱的过程中一路坐大，且与苏加诺关系日趋恶劣。苏加诺左倾，与苏、中交往颇多；陆军右倾，与美国中情局往来密切。苏加诺怀疑陆军不忠于自己，想要往陆军内部安插政治委员；陆军也高度戒备苏加诺，极力反对他和印尼共同提出的建立“第五军种”（武装化的民兵组织）的计划。

这种矛盾导致苏加诺的病情恶化，已呈一触即发之势。美国中情局该年1月26日的一份机密备忘录分析称：“苏加诺的维也纳医生认为，如果不尽快为他进行手术取出肾结石的话，他一两年内就会去世——可能很快就会暴毙。即使他做了手术，他的寿命和身体机能也非常具有不确定性。……（这使得）印尼共产党及其对立派别之间的政治争夺已经白热化。

1965年8月3日，苏加诺突然病倒，紧急召回了正在中国访问的印尼公共领袖艾迪。与艾地同机返回的中国医生对苏加诺的病情非常悲观。8月中旬，印尼共举行政治局会议，通报和讨论了苏加诺的病情，艾地在会上表态：是我们首先扑过去呢，还是等着让别人扑过来？我更倾向于先下手。

1965年9月30日深夜，在印尼公会的策划下，印尼总统卫队营长翁东中校等人发动政变，6名陆军高级将领人头落地，此即“九卅事件”。随之陆军将领苏哈托发动反扑，翁东等人溃败，苏加诺成为傀儡，包括印尼共领袖艾地在内的数十万人被清洗；被误杀者不计其数。

印尼独立是在印尼共产党支持下，苏加诺成功让印尼独立，因此，在印尼政府和军队中都有印尼共产党的人，这也不奇怪。但是美国为了阻止共产主义势力的扩张，竭力收买军队将领，为政变做了准备。
在印尼生活着大量华人，这些都是去南洋经商或者逃离多灾多难的中国的人。由于大陆解放，后来支持印尼独立和政府，因此，印尼的部分华人开始倾向大陆，这引起国民党当局的惊慌，生怕印尼落入大陆手里，于是采取措施，极力阻止。
但是台湾国民党当局不甘心失败，于是挑拨当地华人的关系。结果，华人分成了两派，一派支持大陆，一派支持台湾。中国大陆有关部门已经得到情报，通知当地华人撤离，遭到他们的激烈反对，甚至还把大陆的通知当情报告知台湾当局和美国，以致美国和台湾当局决定提前行动，

印尼军方和民众杀红了眼，也不管支持大陆还是台湾的，一见华人就杀。结果大屠杀中死的其实大多是不愿意走的和支持台湾当局的华人。

98年的时候也一样，也是因为支持台湾一方的华人不愿意撤离，所以死伤惨重。有人指责中共大陆见死不救，其实是想魔化、诋毁大陆形象，是出于反共的需要。两次印尼屠杀华人事件，大陆都派出大陆舰船和飞机，接回了愿意回来的华人。这些人回来后，都安排了工作和生活，中国沿海和内陆的大量农场和农垦就是安排这些人的。如果台湾当局能以华人利益为重，以中华民族为重，像中共那样的胸怀，抛开恩怨，就不会有98年的印尼排华大屠杀，

1、畸形的“主公制度”让华人在政治上的处境更加恶化，1998年再成民愤牺牲品。历史上荷兰殖民印尼时以华人制约本地印尼人也是产生矛盾的根源。

2、两极分化和贫富悬殊所挑起的种族和阶级冲突，对于这些印尼华人的威胁任为解除过。

3、参与政治或与政变领导人选边站，上世纪60年代，苏哈托通过政变推翻了中国大陆支持的有较强独立倾向和社会主义倾向的印尼独立之父苏加诺总统。

自1950年代至1990年代，华人在印尼的悲惨遭遇，主要是政治恶意操弄的结果；印尼政府长期把华人当成“东方的犹太人”进行抹黑。近年来，随着威权时代的结束，印尼华人的境况已有颇多改善，可以参政，可以使用华文，也可以过春节等传统节日。不过与历史达成和解并不容易。2014年，印尼正式废除针对华人的“支那”(cina)这一歧视性称呼；但在2015年，印尼军方和警方却又打压了国内关于1965年大清洗五十周年的纪念活动；至于刚刚举办的关于大屠杀暴行的公开研讨会，当局也声明了不会道歉……这种反复与保守，诚如印尼官方所言，“这是一个好的开始”，至于历史和解之路能走多远，尚未可知。

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